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MHC-IIb分子属于非经典MHC II类分子亚型，其基因定位、蛋白结构和抗原呈递机制与经典MHC-IIa分子存在显著差异。这类分子（如小鼠中的H2-O、H2-M及人类的HLA-DM、HLA-DO）不直接参与抗原肽段的外源性呈递，而是通过调控经典MHC-II分子的肽段加载、编辑和交换过程，间接影响CD4⁺ T细胞的活化与免疫应答强度。

MHC-IIa分子是主要组织相容性复合体II类中的经典亚型，主要表达于专业的抗原呈递细胞（如树突状细胞、B细胞等）表面。与主要负责内源性抗原呈递的MHC-I不同，MHC-IIa专门呈递外源性抗原肽段给CD4⁺ T辅助细胞，从而启动和调节适应性免疫应答。