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巨噬细胞在抵御微生物感染中发挥重要作用，但巨噬细胞功能异常激活可引发炎症并导致显著的组织病理学改变。在动脉粥样硬化斑块中有明显的组织病理学改变，类风湿性关节炎和炎症性肠病等自身免疫性疾病中也存在明显的巨噬细胞功能异常激活。

脓毒症是医院死亡的主要原因之一，其病理机制尚不清楚。目前脓毒症被定义为由于宿主对感染的免疫反应失调而导致的危及生命的器官功能障碍。