蛋白纯化常见难题主要有：蛋白表达量低或形成无活性包涵体、易被蛋白酶降解、杂蛋白多纯度难达标、易聚集沉淀失活，还有内毒素核酸残留、标签切除效率低，以及纯度与回收率难以兼顾等问题。