泛素 - 罗丹明 110:照亮去泛素化酶活性的荧光探针

在 DUBs 研究中,泛素 - 罗丹明 110(Ubiquitin-Rhodamine 110)作为一种高效荧光探针,凭借高灵敏度和特异性,成为解析酶活性、筛选抑制剂的重要工具,尤其在泛素特异性蛋白酶(USPs)家族研究中展现出独特价值。

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一、引言

    

泛素化与去泛素化的动态平衡是细胞内蛋白质稳态调控的核心机制,参与细胞周期、DNA 修复、信号传导等关键生理过程。其中,去泛素化酶(DUBs)通过移除靶蛋白上的泛素链反向调节这一过程,其功能异常与肿瘤、神经退行性疾病等密切相关。在 DUBs 研究中,泛素 - 罗丹明 110(Ubiquitin-Rhodamine 110)作为一种高效荧光探针,凭借高灵敏度和特异性,成为解析酶活性、筛选抑制剂的重要工具,尤其在泛素特异性蛋白酶(USPs)家族研究中展现出独特价值。
    

二、泛素 - 罗丹明 110 的分子设计与检测原理

     

(一)分子结构特征

该探针由泛素分子与罗丹明 110 通过特定肽键连接而成。泛素部分保留天然结构,确保被 DUBs 特异性识别;罗丹明 110 作为荧光报告基团,通过酰胺键连接于泛素 C 末端。这种设计既维持了底物与酶的结合特异性,又通过荧光信号变化实现酶活性的可视化监测。

(二)荧光检测机制

罗丹明 110 具有高量子产率,最大激发波长 488nm、发射波长 520nm,可有效规避生物样本自发荧光干扰。未切割状态下,探针因分子内相互作用导致荧光淬灭;当 DUBs 切割连接肽键后,游离的罗丹明 110 释放强荧光,荧光强度与酶活性呈正相关,实现实时定量分析。这种 "切割 - 激活" 机制为动态监测酶催化过程提供了可靠依据。
  

三、在 USP1 活性检测中的核心应用

(一)体外酶学特性研究

USP1 作为依赖 UAF1 辅助因子的关键去泛素化酶,其催化机制解析依赖高效底物工具。泛素 - 罗丹明 110 通过模拟 USP1 的天然底物(如泛素化 FANCD2、PCNA),可精准测定其催化参数:

 

动力学分析显示,USP1-UAF1 复合物对探针的切割效率(kcat/Km)显著高于单独 USP1,证实 UAF1 的激活作用;

点突变实验中,C90(催化三元组关键残基)突变后荧光信号几乎完全消失,直接验证催化核心的必要性。

(二)细胞内活性可视化

经细胞穿透肽修饰后,探针可实现活细胞内 USP1 活性的实时监测:

 

在 HeLa 细胞中,荧光信号主要富集于细胞核(与 USP1 的核定位一致);

紫外线诱导 DNA 损伤后,核内荧光强度 1 小时内提升 2.3 倍,提示 USP1 活性被激活以参与 DNA 修复;

USP1 敲除细胞中荧光信号降低 72%,证实探针的特异性。

   

四、技术优势与局限性

(一)显著优势

高灵敏度与特异性:检测限达纳摩级,泛素部分确保仅响应 DUBs,对其他蛋白酶无交叉反应;

实时动态监测:荧光信号随酶切反应实时变化,可获取动力学参数,优于 Western blot 等终点检测法;

高通量兼容性:适用于 96/384 孔板体系,无需放射性标记,可快速筛选抑制剂。

(二)现存局限

底物模拟限制:单泛素结构无法完全模拟多泛素链或泛素化靶蛋白的天然构象,可能影响部分 DUBs 的识别效率;

细胞递送挑战:未经修饰的探针膜穿透性差,化学修饰(如 PEG 化)可能降低其与酶的结合活性;

复杂体系干扰:血清或细胞裂解液中的成分可能淬灭荧光,需优化缓冲体系以降低背景。

   

五、在药物研发中的应用价值

    

泛素 - 罗丹明 110 为 DUBs 抑制剂筛选提供了高效平台,尤其在 USP1 靶向药物研发中发挥关键作用:

 

在体外筛选中,通过监测荧光强度变化可快速评估化合物的抑制活性,如对 KSQ-4279(USP1 变构抑制剂)的 IC50 测定显示,其半数抑制浓度与细胞实验结果偏差小于 15%;

结合荧光偏振技术可区分抑制剂作用模式(竞争性 / 非竞争性),为构效关系分析提供依据;

细胞水平实验中,修饰后的探针可验证抑制剂的胞内活性,如候选化合物处理后,肿瘤细胞内荧光信号降低幅度与抑制剂浓度呈线性相关,为体内实验提供前期数据。

   

六、总结与展望

   

泛素 - 罗丹明 110 凭借独特的 "切割 - 荧光激活" 机制,成为解析去泛素化酶功能的重要工具,推动了 USP1 等关键靶点在 DNA 修复、肿瘤发生中作用的研究。其高灵敏度和适用性使其在基础研究与药物研发中具有不可替代的价值。
未来通过分子设计优化(如引入多泛素链、改善细胞穿透性),该探针的应用范围将进一步拓展。例如,开发泛素链 - 罗丹明 110 探针可研究酶对不同泛素链型的偏好性;结合 FRET 技术有望实现酶 - 底物相互作用的动态追踪。这些改进将为去泛素化酶研究及相关疾病治疗提供更强大的技术支撑。

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