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引言
随着生物技术的飞速发展,下一代测序(Next Generation Sequencing,NGS)技术已成为生物学和医学研究的重要工具。
在NGS的复杂流程中,各种专用酶发挥着至关重要的作用。
末端修复&加A
在DNA片段化过程中,打断产生的DNA片段有的是平末端,有些是粘性末端,且其末端不一定存在磷酸基团或者羟基基团。平末端经过加A步骤后就可以与带有突出T的接头进行连接了,而粘性末端,还需要补齐后才可以进行加A。
Klenow片段主要用于DNA片段的末端修复和补平。在文库构建过程中,DNA片段的末端状态对于后续的测序反应至关重要。如果DNA片段的末端存在缺口或突出,可能会影响测序的准确性和效率。
接头连接
在文库构建与测序流程中,接头扮演着不可或缺的角色,常用的Illumina平台Y型接头,包含P5/P7、Index、以及Rd1/Rd2 SP序列。其中,P5/P7序列用于和测序芯片上的序列进行配对,将待测片段固定在Flowcell上完成桥式扩增;Index用来区分上机测序混合文库中的不同样本,而Rd1/Rd2 SP是Read1和Read2测序引物结合区域。
接头连接一般用T4 DNA连接酶,它可以修复双链DNA上的单链切口,使两个相邻的核苷酸重新连接起来,在接头连接中可将带有“T”黏性末端的接头和带“A”黏性末端的DNA片段连接起来形成一个完整的双链。
展望
DNA Polymerase I Large (Klenow) Fragment和T4 DNA Ligase是NGS中不可或缺的两种专用酶。它们在NGS文库构建的不同步骤中发挥着独特的功能:Klenow片段主要用于DNA片段的末端修复和补平,以确保DNA片段的末端状态适合后续的测序反应;而T4 DNA Ligase则用于连接DNA片段与测序接头,为后续的测序反应提供基础。这两种酶的应用不仅提高了NGS的测序效率和准确性,也为生物学和医学研究提供了强有力的技术支持。